BIOTECHNOLOGIE: Biologie appliquée TP

• Contribution au profil d'enseignement

• Communiquer et informer

  Choisir et utiliser les moyens d’informations et de communication adaptés Utiliser le vocabulaire adéquat Présenter des prototypes de solution et d’application techniques

  Collaborer à la conception, à l’amélioration et au développement de projets techniques

  Elaborer une méthodologie de travail Planifier des activités Analyser une situation donnée sous ses aspects techniques et scientifiques Rechercher et utiliser les ressources adéquates Proposer des solutions qui tiennent compte des contraintes

  S’engager dans une démarche de développement professionnel

  Développer une pensée critique Travailler tant en autonomie qu’en équipe dans le respect de la structure de l’environnement professionnel

  S’inscrire dans une démarche de respect des réglementations

  Respecter les normes, les procédures et les codes de bonne pratique

  Maîtriser les concepts scientifiques

  Utiliser à bon escient le vocabulaire des domaines Appliquer les connaissances des sciences fondamentales Exercer un regard critique sur les résultats et les méthodes Evaluer la signification et les conséquences des opérations effectuées

  Respecter les bonnes pratiques de laboratoire de recherche, de développement ou de production

  Faire preuve de dextérité manuelle, ordre et propreté Organiser son travail dans le respect des procédures et modes opératoires Mettre en oeuvre les mesures de préventions Assurer la traçabilité des opérations

  Planifier et réaliser des opérations de bio-production

  Modéliser les phénomènes biologiques

• Acquis d'apprentissage spécifiques sanctionnés par l'évaluation

Bio : Appliquer et adapter des protocoles techniques dans le cadre des manipulations pratiquées au laboratoire (dosage de l’activité enzymatique, étude de la cinétique enzymatique, extraction et dosage de diverses molécules).

Bio : Maîtriser les principes théoriques et pratiques des manipulations réalisées au laboratoire de biologie en intégrant les notions acquises en première année afin de réaliser correctement des calculs des paramètres étudiés à partir des grandeurs mesurée

Bio : Faire preuve de savoir-être (ponctualité, ordre, propreté, organisation ainsi que respect de consignes, du mode opératoire, des règles de sécurité et du traitement des déchets).

Bio : Organiser son travail en fonction des contraintes des manipulations réalisées, au niveau du temps, du matériel disponible, des spécificités des analyses effectuées, et du travail en équipe.

Bio : Présenter le travail réalisé dans un rapport intégrant les principes théoriques et pratiques, les résultats, leur analyse et interprétation, en utilisant le vocabulaire scientifique adéquat.

Bio : Préparer adéquatement des solutions et réactifs utilisés lors des manipulations (approximativement et exactement) ; maîtriser la réalisation des dilutions avec précision et répétabilité.

Bio : Utiliser adéquatement les micropipettes, la verrerie classique et jaugée, les spectrophotomètres (à cuvette et à plaques 96 puits), une balance (trébuchet et analytique)

Bio : Communiquer dans un rapport les résultats en utilisant le vocabulaire scientifique adéquat.

Info : Utiliser la banque de donnée NCBI pour obtenir différentes informations sur un gène.

Info : Utiliser l’outil Pubmed pour obtenir la littérature en rapport avec un gène.

Info : Être capable d’aligner 2 séquences d’ADN ou de protéines pour en déterminer les similitudes en utilisant les outils de la bio-informatique (matrice de substitution, Blosum, PAM, …).

Info : Réaliser un « BLAST » pour obtenir les séquences présentant des similitudes avec une séquences données (BLASTn, BLASTp, BLASTx, …).

Info : Utiliser la banque de programmes Expasy.

Info : Utiliser l’outil Excel dans le domaine de la bio-informatique.

Info : Réaliser des alignements multiples et des arbres phylogénétiques.

• Objectifs

• Biologie appliquée TP

  Les travaux pratiques de biologie appliquée ont pour but la mise en application des techniques d’analyse et de démarches expérimentales complexes dans l’étude des échantillons biologiques permettant de développer chez l’étudiant des capacités techniques, un raisonnement scientifique et un esprit critique. 

  L’étudiant sera capable de comprendre les aspects théoriques des manipulations réalisées, de mettre en œuvre un protocole, de réaliser avec exactitude et précision les principaux gestes caractéristiques des manipulations courantes, d'organiser son poste de travail et de gérer son temps, de respecter les consignes, d'utiliser les instruments, d'effectuer un bilan des informations obtenues, de rapporter les résultats de manière écrite en les analysant et critiquant par rapport à la littérature scientifique, de travailler en équipe.

  
  

  Bio-informatique

  L’objectif est de montrer différentes possibilités et outils de la bio-informatique. Pour ce faire, l’accent sera porté sur l’utilisation d’outils existants sur le web et pouvant être utilisés dans le domaine de la recherche en génie génétique. La banque « NCBI » très utilisée dans le domaine de la recherche sera spécialement utilisée.

  
  

  
  

• Contenus

• Biologie appliquée TP

  Problèmes pratiques de biologie en relation avec des applications biotechnologiques :

  - Etude de la cinétique enzymatique et des inhibiteurs en vue d’une application industrielle potentielle.

  - Dosage de l’activité amylasique dans différents malts d’orge utilisés pour la fabrication de la bière.

  - Mesure de la capacité antioxydante de végétaux.

  
  

  Bio-informatique

  • Banque de données (NCBI, Pubmed, RefSeq, …),
  • Primer Blast (design, commande et application),
  • Alignement de 2 séquences (Théorie, matrice de substitution, BLOSUM, PAM, algorithme de recherche,…),
  • BLAST (BLASTn, BLASTp, BLASTx, …),
  • Expasy (exemple avec le profil d’hydropathie),
  • Utilisation d’Excel,
  • Alignement multiple,
  • Arbre phylogénétique (Branche, nœuds, encarcinement, méthode par parcinomie, …),
  • Manipulation in silico (Outil Serial Cloner, ligation, …).

  
  

  
  

• Méthodes d'enseignement et d'apprentissage

• Cours ex-cathedra
• Travaux de laboratoires

• Evaluation

• Bioinformatique appliquée

  Examen Pratique Evaluation Continue

  Biologie appliquée TP

  Examen Ecrit Examen Oral Evaluation Continue

• Langue(s) de l'unité d'enseignement

• Supports de cours au format papier

• Aucun support déposé pour cette unité d'enseignement

• Autres supports de cours

• Aucun autre support défini