BIOCHIMIE: Bioinformatique

• Contribution au profil d'enseignement

• Communiquer et informer

  Présenter des prototypes de solution et d’application techniques

  Collaborer à la conception, à l’amélioration et au développement de projets techniques

  Elaborer une méthodologie de travail Analyser une situation donnée sous ses aspects techniques et scientifiques Rechercher et utiliser les ressources adéquates

• Acquis d'apprentissage spécifiques sanctionnés par l'évaluation

Utiliser la banque de donnée NCBI pour obtenir différentes informations sur un gène.

Utiliser l’outil Pubmed pour obtenir la littérature en rapport avec un gène.

Être capable d’aligner 2 séquences d’ADN ou de protéines pour en déterminer les similitudes en utilisant les outils de la bio-informatique (matrice de substitution, Blosum, PAM, …).

Réaliser un « BLAST » pour obtenir les séquences présentant des similitudes avec une séquences données (BLASTn, BLASTp, BLASTx, …).

Utiliser la banque de programme Expasy.

Utiliser l’outil Excel dans le domaine de la bio-informatique.

Réaliser des alignements multiples et des arbres phylogénétiques.

Réaliser une ligation in silico avec l’outil Serial Cloner.

• Objectifs

• L’objectif est de montrer différentes possibilités et outils de la bio-informatique. Pour ce faire, l’accent sera porté sur l’utilisation d’outils existants sur le web et pouvant être utilisés dans le domaine de la recherche en génie génétique. La banque « NCBI » très utilisée dans le domaine de la recherche sera spécialement utilisée.

• Contenus

• • Banque de données (NCBI, Pubmed, RefSeq, …),
  • Primer Blast (design, commande et application),
  • Alignement de 2 séquences (Théorie, matrice de substitution, BLOSUM, PAM, algorithme de recherche,…),
  • BLAST (BLASTn, BLASTp, BLASTx, …),
  • Expasy (exemple avec le profil d’hydropathie),
  • Utilisation d’Excel,
  • Alignement multiple,
  • Arbre phylogénétique (Branche, nœuds, encarcinement, méthode par parcinomie, …),
  • Manipulation in silico (Outil Serial Cloner, ligation, …).

• Méthodes d'enseignement et d'apprentissage

• Cours ex-cathedra
• Travaux de laboratoires

• Evaluation

• Bioinformatique TP

  Examen Pratique Evaluation Continue

• Langue(s) de l'unité d'enseignement

• Français

• Supports de cours au format papier

• Aucun support déposé pour cette unité d'enseignement

• Autres supports de cours

• Présentation power point